No ano de 1984, como fruto da visão espiritual e ousada do Pastor Nilson do Amaral Fanini, sobre a necessidade de se formarem líderes para a denominação atendendo aos vocacionados da região leste fluminense, é inaugurado o Seminário Teológico Batista de Niterói. Em convênio com a Junta de Educação da Convenção Batista Fluminense, este Seminário surge em tempos de mudanças radicais nos terrenos do pensamento e da moral e tem como objetivo ser uma resposta aos ventos de apostasia que já sopravam no mundo naquela época.
Desde o seu nascimento, o STBN sempre esteve aliançado com a Primeira Igreja Batista de Niterói, que provia seu sustento espiritual, bem como parte de seu sustento financeiro. Essa relação surgiu de forma muito natural, já que o pastor titular da Primeira Igreja Batista de Niterói era também o idealizador e reitor do Seminário; o vice -presidente da PIBN, diácono Eli Francione de Abreu, atuava como Diretor Administrativo do STBN; e as instalações físicas deste eram compartilhadas com as da igreja, como o são até hoje, no prédio anexo ao templo, o chamado Edifício de Educação Religiosa.
Durante sua história, o Seminário formou milhares de alunos, incluindo os dos antigos Campus Avançados em Friburgo, Cabo Frio e Santo Antônio de Pádua. Integraram esta Instituição grandes nomes do meio Batista, como o do Pastor Ebenézer Soares Ferreira, que atuou como Diretor Geral entre 2006 e2019; e entregamos para a denominação nomes como o do Pastor Sócrates Oliveira de Souza, que por muitos anos foi o Diretor Executivo da Convenção Batista Brasileira, e do Pastor Daniel Cunta que atua na área de Missões Estaduais da Convenção Batista Fluminense…. Mas o STBN também atravessou crises, enfrentou adversidades e se viu em situações que apontavam para o encerramento de suas atividades. Todavia, através da orientação divina e colaboração de homens e mulheres que amam esta instituição, esta Casa de Profetas tem prosseguido, sempre fundamentada na sua filosofia de educação teológica, formando homens e mulheres adequadamente, não apenas do ponto de vista acadêmico e intelectual, mas sobretudo do ponto de vista da piedade cristã e da firmeza doutrinária.
Afinal, mais do que outorgar títulos e diplomas, a missão do STBN tem sido, ao longo desses quarenta anos, formar líderes úteis ao Reino, para a prática ministerial efetiva nas igrejas batistas e demais denominações evangélicas, com fundamentação na Palavra de Deus e na doutrina dos apóstolos.